源泉徴収額の計算方法に不明点がある場合は、
「間違っている」と断定せず、確認ベースで連絡するのが角が立ちにくいです。
もっとも無難・丁寧（基本形）
件名：源泉徴収額の計算についてのご確認のお願い
株式会社〇〇
〇〇様
いつもお世話になっております。
〇〇（屋号・氏名）です。
先日お振込みいただいた〇月分の報酬につきまして、
源泉徴収額の計算方法について確認させていただきたく、ご連絡いたしました。
念のため明細を確認したところ、
源泉徴収の対象金額（税抜／税込の区分）について、
当方の認識と異なる可能性がありました。
お手数をおかけして恐れ入りますが、
今回の源泉徴収額の計算方法について、
一度ご確認いただくことは可能でしょうか。
こちらの理解不足でしたらご教示いただけますと幸いです。
何卒よろしくお願いいたします。
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署名消費税が含まれていそうな場合（実務向け）
件名：源泉徴収額の算出対象についての確認のお願い
株式会社〇〇
〇〇様
いつもお世話になっております。
〇〇（屋号・氏名）です。
〇月分の報酬につきまして、
源泉徴収額の算出対象について念のため確認させてください。
請求書では
・報酬本体：〇〇円
・消費税：〇〇円
として記載しておりますが、
今回の源泉徴収額が税込金額を基準に算出されているように見受けられました。
私の認識では、
消費税は源泉徴収の対象外と理解しており、
念のため計算方法をご確認いただけますと幸いです。
お忙しいところ恐れ入りますが、
ご確認のほどよろしくお願いいたします。
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署名関係性ができている場合（ややカジュアル）
件名：源泉徴収の計算について少し確認させてください
〇〇様
いつもお世話になっております。
〇〇です。
〇月分のお支払いについて、
源泉徴収の計算方法を念のため確認させてください。
明細を拝見したところ、
対象金額の考え方について少し確認したい点がありました。
私の理解違いでしたら申し訳ありません。
お手すきの際で構いませんので、
今回の算出方法をご教示いただけますと助かります。
どうぞよろしくお願いいたします。